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Pherastar的高速FRET基于SNP基因分型测量

Phil Robinson(1)法兰卡甘糕(2) (1)KBISCIENCE(2)BMG L德赢vwin官网客服ABTECH 12/2014
  • 基于FRET基于KASP的SNP基因分型TM值系统
  • 具有双发射的优化光学模块
  • 改善测量的速度和准确性

介绍

单一核苷酸多态性(SNP`s)已成为遗传研究中的一种宝贵工具。它们在各种科学版中受雇于药物生物生物学,以动物繁殖识别通过疾病基因映射。由于它们的易于测定和分析,它们是一种受遗传标记的流行选择,但是许多标准测定仍然在高通量中使用的仍然相对昂贵。在本申请中,我们展示了Pherastar的使用®多模板读数器,用于测量SNP基因分型化学开发和高通量生产基因分型。KASP™系统由KBISCIENCES(现在LGC)开发,用于评估Pherastar的性能增强,使用新的SNP基因分型特定光学模块具有由BMG Labtech创建的双发射(图1)。德赢vwin官网客服使用两个光电倍增器允许改进的精度和减少读取时间30%。

材料与方法

所有材料均由Sigma Aldrich来源,除了384-1536孔微孔板,在房屋(部分号 - Pro 384和1536)中产生。寡核苷酸也来自德国沃林的源。


所使用的化学是基于均匀荧光共振能量转移(FRET)检测系统的KBISCIENCE专有系统,使用等位基因特定PCR。Brie FL Y,两个寡头寡糖设计为SNP的每个等位基因。这些寡核苷酸中的每一个都以彼此不同的18bp序列尾尾。还包括在反应中是Taq聚合酶,DNTPS,内标染料(罗丹明X,(ROX))和反向引物。


Taq聚合酶的修正版本无法延长在其3位底座上不匹配的引物。这用于区分两位等位基因。通过从包含在反应中包含的两种新型褶皱记者寡核苷酸的FOOR倒源来监测反应。所有反应在体积为1μl(1536孔)或2μL(384孔)和热循环的水中循环液(Kbiosciences,Basildon,UK)中进行。使用DEERAC赤道进行液体处理TM值GX8(Deerac Fluidics,Deblin,爱尔兰)。


成绩与讨论

基于SNP的基因分型基本上是一种定性技术,输出是簇绘图。在Pherastar评估的情况下,进行了初步评估以确定阅读的最佳条件。在此期间,确定增益,激发和排放的效果和每孔的流动数量。双发射模块提供了读取内部标准(ROX)和等位基因特定染料(FAM和VIC)的很大优势。确定最佳模块是:

FAM / ROX. 励磁
485 nm.
emassissa.
610 nm.
爆炸
520 nm.
VIC / ROX. 励磁
520 nm.
emassissa.
610 nm.
爆炸
560 nm.

图2和3显示了从具有不同发射模块的测量获得的结果。结果表明,当使用双发射模块时,获得了更清晰的簇。

结论

Pherastar在过去始终良好地进行了这个应用程序,但通过引入SDE模块,实现了性能的进一步意义。除此之外,由于必须只读取两次(FAM / ROX,那么VIC / ROX)而不是每种氟分别地。


最后,我们注意到,由于双模块的实施,Pherastar的错误读取率降至不再可测量的水平。在初步评估后,KBISSOCIECIES设施的Phierastars的整个生产现场已被升级为双模块。

背景

LGC的Genomics部门与KBioscience LGC相结合,国际科学的公司和市场领导者分析,法医和诊断服务和参考标准,宣布LGC的基因组学部门和KBIOCICE融合在一起创建市场领先的基因组服务和解决方案提供商。


关于KBISSICE.
KBIOSSICE是一家英国的技术公司,专注于SNP基因分型化学和新颖的仪器。在2002年建立,利用激光焊接作为基于服务的科学公司在SNP基因分型市场中,KBioscience开发了自己的SNP基因分型化学和新颖的仪器。

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